東京証券取引所第1部上場。

資本的には旧UFJグループとの関係が深かった一方で、旧Meネット証券との合併以前は伊藤忠商事が筆頭株主であったなど、他のUFJグループ企業ほどUFJ色は強くはなかった。 2006年1月1日に、旧三菱東京フィナンシャル・グループ（現「三菱UFJフィナンシャル・グループ」）系のMeネット証券と合併した。株式の上場維持の関係などから、他の三菱・UFJ統合事例と異なり、UFJ系列のカブドットコム証券が存続会社となった。 2006年9月15日より、日本国内初となるオークション方式による夜間取引市場「kabu.comPTS」を開始した。

カブドットコム証券は、2006年10月25日、三菱東京UFJ銀行と提携して、銀行代理店業務に参入することを発表した。12月28日は、関東財務局から銀行代理業に参入することが許可された。2007年1月4日、三菱東京UFJ銀行にカブドットコム証券専用の支店として「カブドットコム支店(旧東京三菱店扱い)」を開設し、1月下旬以降に業務を開始すると発表され、4月19日から関係者に限定して業務を開始した。当初5月頃とされていた一般顧客向けのサービスは再三に亘り延期されたが、8月17日から開始された。